Mendel stellte fest, dass alle Nachkommen der ersten Generation nur eine Ausprägung des jeweiligen Merkmals aufwiesen, also z. B. nur violette Blüten. Kreuzte er nun Pflanzen dieser Generation erneut miteinander, so trat in der zweiten Tochtergeneration das verschwundene Merkmal (weiße Blüten) wieder auf, und zwar bei einem Viertel der Nachkommen. Dieses 3:1–Verhältnis trat bei allen untersuchten sieben Merkmalen auf. Da Mendel mit einer großen Zahl an Pflanzen arbeitete – in Summe verwendete er 28.000 Pflanzen -, konnte er die Ergebnisse statistisch gut absichern.
Mendel führte zur Erklärung zwei Begriffe ein, die heute noch verwendet werden: Dominanz und Rezessivität. Die überlegene, dominante violette Farbe verdeckte in der ersten Generation die rezessive weiße. Die unterdrückte, rezessive weiße Farbe trat in der zweiten Generation wieder auf. Daraus schloss Mendel, dass Erbsen für jedes Merkmal, wie die Samenfarbe, Blütenfarbe oder Samenform, zwei Vererbungseinheiten besitzen.
Heute nennt man diese Einheiten Allele. Eines stammt immer vom Vater und das andere von der Mutter. Die Kombination aus beiden Allelen nennt man Genotyp. Dieser bestimmt das äußere Erscheinungsbild, den Phänotyp.